朱棣进南京后,六月十三日当夜,建文帝朱允炆不知所终,有说死于大火,有说亡命天涯,而胜利者朱棣,从他夺取南京,到最终登基,一共隔了四天,即六月十七日才登基。这四天他做的最主要的事情,就是装客气,每天群臣们都上表“劝进”,劝说朱棣称帝。第一天,是朱允炆先前的兵部尚书如常“劝进”,朱棣觉得分量不够,客气地拒绝了。第二天,是在南京的宗室诸王,外加原属官员们“劝进”,朱棣也觉得分量不够,客气客气继续拒绝了。第三天,是跟随朱棣打天下的亲信部将们集体“劝进”,朱棣觉得分量还差点儿,客气客气还是拒绝了。第四天,前三天的所有人,一起上表劝进,在劝进的话里,甚至说朱棣如果不登基,天下老百姓就要伤心。朱棣觉得分量够了,刚想不客气地答应。突然有一个人插嘴了:“殿下先谒陵乎,先即位乎?”(大王,你要当皇帝,跟你爹说了吗?)一语道破天机,朱棣慌忙醒悟,连忙跑到明孝陵,哭天抹泪地拜祭了一番,这才算顺风顺水地继承皇位。说这话的人,就是当时的翰林院编修,后来号称“三杨”之一的杨荣。
继承皇位后的朱棣,被人诟病的一条,就是以极其残酷的手段,残杀建文帝时代的旧臣们,比如方孝孺、齐泰、黄子澄等人相继被灭族,但对有些人,他却杀其人而用其谋——卓敬。朱棣造反前,明朝廷在商议削藩问题时,大多数人都在商量先“削”谁,唯独户部给事中卓敬高瞻远瞩,提出以“推恩”和“迁藩”相结合,即表面上不削弱藩王实力,却建立由藩王子女平分藩王领地的继承制度,同时将边地藩王迁入内地安置。这样既达到目的,又不给朱棣造反口实。进入南京后的朱棣,阅读到当时卓敬的奏折,欲收为己用,孰料卓敬见到朱棣后,当场骂不绝口。朱棣虽然生气,却还是耐着性子,拿出管仲和魏征说事,但卓敬不为所动,反复说:“可惜皇上(建文帝)不用我的主意啊,我要去下面见先帝(朱元璋)评理啊!”最终卓敬被朱棣夷灭三族,朱棣感叹说:“朱允炆养了这么多文官,也就卓敬一个人对得起他啊!”次年,朱棣全面推行卓敬生前的“推恩”+“迁藩”政策。尾大不掉的藩王问题,就这样在朱棣手中轻松解决了。