对独立董事制度而言，其保持旺盛生命力和有效发挥作用的核心是“独立性”。如果没有了独立性，整个独立董事制度赖以建立和存在的基础就不复存在，独立董事制度这一“摩天大厦”顷刻间将彻底坍塌。实践中，世界各国也都一直在探讨如何保证独立董事的独立性的问题，摸索各种做法。
笔者认为，独立董事制度的这种独立性至少包括两个方面，一是独立董事本身身份的独立性，二是独立董事整体的独立性。以前者而言，其内容既包括静态的独立性，即成为独立董事时起始身份的独立性，也包括动态的独立性，即独立董事任职期间的独立性，如任职期间独立身份的维持、激励和约束机制以及工作条件对独立性的影响，等等。以后者而论，主要是指独立董事在董事会中的多数(绝对多数或相对多数)地位。目前在我国企业公司的实践中，独立董事的独立性应受到质疑。其中一股独大的股权结构是影响其独立性的最主要原因。
1削弱独立董事制度功效主要原因：制度理论缺陷
最早设立独立董事制度的国家是美国，然而即使在发达资本主义国家对其同样存在批评、怀疑。独立董事没有剩余索取权，其职责是对公司和全体股东的利益负责监督，这就存在着剩余索取权与控制权不对称的矛盾。利益无相关将会导致独立董事责权缺失，因为独立董事对于公司全体股东的财产和利益而言，只是一个“局外人”。
从经济学一般原理来讲，财产的主人关心自己的财产，可以按照自己的意愿选择能对自己的财产负责任的人来经营管理。所以如果没有外在的强制力大股东们就不可能有积极性聘请不代表自身利益的独立董事来限制自己的权利。如果存在某种外在强制力，大股东们就一定去聘请维护自身利益、服从自己意志的独立董事了。从独立董事自身来讲，亚当斯密的观点：“作为别人的钱而非自己的钱的经营者，我们不能期望此类公司的董事像私人合伙中的合伙人照看自己的钱财一样十分小心地照看别人的钱财”。这样我们又怎能从实践上去要求独立董事对与自己无关的财产投入足够的精力、积极性和责任心呢？如果希望依靠自身的职业道德来维系这种责任心和积极性，那将十分脆弱。又如我国沪、深上市公司已有许多公司设立了独立董事，但其中有相当部分很少真正关心公司，甚至不参加董事会会议。如果希望依靠薪酬机制来建立起对独立董事的激励机制，并解决理论上的缺陷，那又有可能出现独立董事被大股东和内部人“收买”并被同化的现象，从而出现服从大股东和内部人意志的情况。因此要一个利益相对无关的人来履行监督或利益相关的人来限制自身的利益，从理论上行不通。
2我国上市公司特殊股权结构
目前，我国上市公司股权高度集中，大部分上市公司大股东绝对控股，一股独大现象严重。许多上市公司是由原国有企业改组、改制而成，国有股、法人股一般占控制地位，且流通性差。2004年近1300家上市公司中，约80％－90％是国有股占主导地位的公司，尚未流通的国有股、法人股占70％－80％。在过于集中的股权结构下，公司股东大会就会体现控股股东的意志，中小股东意志难以体现，股东大会形同虚设。因为董事会虽由股东大会产生，但由此体现的仍是控股股东的意志，而经理机构是对董事会负责的，当然也取决于控股股东的意志。因此上市公司事实上是“一个人说了算”。连拥有相当比例股权的二股东、三股东都很少有发言权，更别提根本就不拥有股权的独立董事，而且即使有发言权其独立性又难以保证，所以这样的股权结构将无法发挥独立董事的作用。反之只有保证独立董事在行使权力时不受制于控股股东，公司实现股权结构的多元化、分散化，加强股权流动性，才能促进独立董事制度发挥其功能。近二年来，我国正在对上市公司推行股权分置改革，也是为了改善上市公司的股权结构。
3影响独立董事制度功效的主要因素
3.1独立董事获取信息的能力和动力不足
现行公司管理结构中，独立董事实质上是公司的“局外人”，因为其既未参加公司的经营管理，也无对公司重大事项的决策权。独立董事获取公司信息的渠道相对有限，主要来自公司管理层。而前文我们已经提及，在上市公司“一股独大”的股权结构下，控股股东已经控制公司董事会和管理层，公司信息分布客观上明显存在着管理层与独立董事间的不对称，前者明显处于信息优势地位，后者处于信息劣势地位。而且实践中独立董事又很少与管理层间建立直接联系，这样独立董事获取信息显得十分困难。不仅如此，一旦管理层提供可能是不完全或扭曲的信息披露，或可能是非欺骗性的信息误导，都极易使得独立董事形成的判断歪曲事实的真相。如上市公司“伊犁股份”的独立董事与公司间的争执就是其中一例。  2004年6月10日新疆屯河独立董事杜厚文致函董事长及董事会：“我于2002年10月25日受聘担任新疆屯河投资股份有限公司独立董事。近两年来，深感公司在披露信息方面（包括对独立董事）存在着不透明的情况。在此情况下，本人难以履行职责，特提出辞职，请予批准。辞职从即日起生效。”笔者认为，杜先生的辞职实在是无奈之举。
        我国独立董事的职业倾向和知识结构影响着其获取信息的能力。上市公司聘请的独立董事主要集中于大学或科研院所，而专业人员如法律、会计、财务、管理、金融、技术等，却没有占到应有比例。资料显示：43.5%的独董来自于高校或科研院所，独董的构成以学院派占主流；33.3%的独董在董事会表决时从未投过弃权票或反对票，35%的独董从未发表过与上市公司大股东或者公司高管等实际控制人有分歧的独立意见。这些学者有较高的理论水平，但获取信息的专业能力和实践能力有所不足，其综合素质难以满足上市公司发展的要求，一定程度上影响了其获取信息的完全性。独立董事要想真正发挥作用，必须有足够的时间和精力深入公司获取相关信息，但由于利益无相关、激励和约束机制不完善，独立董事往往工作动力不足，不愿花很多时间和精力在公司上，甚至只是被动敷衍，这样独立董事就无法做到“懂事”了。
      3.2缺乏有效的激励和约束机制
        单靠个人的主动性、自觉性和职业道德是很难保证独立董事的独立性、公正性和积极性的，需要一套行之有效的激励约束机制。激励机制上，与发达国家相比，我国独立董事的薪酬收入较其本职工作收入可能已是一笔很高的收入，而且薪酬构成主要为现金收入，而股权、期权收入方式近乎没有。现金收入具有短期激励的作用，而股权收入具有长期激励的作用。由于独立董事的收入是由公司董事会决定的，所以如此现金收入将可能导致其被公司大股东、高层管理人员所同化；另一方面独立董事的利益并未与公司长远利益相挂钩，极有可能导致部分独立董事为其自身利益最大化而采取一种不利于公司发展的短期行为。两方面的因素都极有可能导致独立董事独立性的丧失。约束机制上，独立董事与其他董事一样，既享有权利与权力，同时也应当承担义务与责任。鉴于美国公司的独立董事要承担连带赔偿责任，笔者认为我国应该进一步完善相应的责任制度，以促进独立董事履行其职责，以法律的形式来把握对其约束的程度。否则容易弱化独立董事应负的责任，其独立性就难以保证。
从另一个角度看，独立董事的工作与企业业绩又是密切相关的。因此，有

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